คาลิฟา ซีเซ (ฝรั่งเศส: Kalifa Cissé ; เกิดวันที่ 9 มกราคม ค.ศ. 1984 ที่เดรอ ,จังหวัดเออเรลัวร์ ประเทศฝรั่งเศส) เป็นนักฟุตบอลตำแหน่งกองกลางตัวรับ ชาวมาลีโดยคาลิฟา ซีเซ เคยเป็นนักฟุตบอลระดับเยาวชน ของสโมสรฟุตบอลตูลูส ในประเทศฝรั่งเศส และเริ่มต้นเล่นฟุตบอลระดับอาชีพที่ประเทศโปรตุเกสในระดับปรีไมรา ลีกาซึ่งเป็นลีกสูงสุดกับสโมสรฟุตบอล เอสตูริล ปรายา และสโมสร เบาวิสต้า จากนั้นเขาย้ายไปเล่นในพรีเมียร์ลีกกับสโมสรเร้ดดิ้ง ก่อนจะย้ายมาเล่นในระดับลีก แชมเปียนชิพกับสโมสรฟุตบอลบริสตอล ซิตี และดาร์บี้ เคาน์ตี้ในปี ค.ศ. 2014 คาลิฟา ซีเซ ย้ายมาเล่นฟุตบอลในทวีปเอเชียเป็นครั้งแรก ในไทยพรีเมียร์ลีก กับสโมสรฟุตบอลแบงค็อก ยูไนเต็ด ก่อนที่จะย้ายไปเล่นให้กับสโมสรฟุตบอลบางกอกกล๊าส ในช่วงเลกที่ 2 ของฤดูกาล 2016 และเล่นให้กับสโมสรฟุตบอลบีอีซี เทโรศาสนในฤดูกาล 2017 จากนั้นเขาย้ายไปเล่นในเอลีก​ประเทศออสเตรเลีย​กับสโมสรฟุตบอลเซ็นทรัล โคสต์ มารีเนอร์แม้คาลิฟา ซีเซ จะเกิดที่ประเทศฝรั่งเศส และได้รับสัญชาติฝรั่งเศสเป็นสัญชาติที่สอง แต่เขาก็เลือกเล่นให้กับทีมชาติมาลีซึ่งเป็นประเทศของบิดา โดยซีเซนับถือศาสนาอิสลาม ชื่อคาลิฟา ของเขานั้นมาจากภาษาอาหรับว่า เคาะลีฟะฮ์ (อาหรับ:خَليفة‎)